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International audience

Interstices; Depuis le début de la pandémie de SARS-CoV-2, la surveillance de l’évolution du génome du virus avec son séquençage en continu est devenue un élément clé de santé publique. En effet, le génome d’un virus est par nature très dynamique, avec une évolution qui se manifeste par l’accumulation rapide de mutations. Disposer au fil du temps de nombreux génomes d’origines géographiques variées est donc nécessaire pour identifier l’émergence de variants, des lignées porteuses de mutations clés susceptibles d’affecter la pathogénicité et la transmissibilité du virus, voire de mener à un échappement vaccinal. Ce type de surveillance a pu être expérimenté ces dernières années avec la grippe saisonnière, les virus Ebola ou Zika, et a atteint une ampleur inédite avec le suivi du SARS-CoV-2. Une telle tâche requiert des moyens de génération, d’analyse bio-informatique et de partage des données particulièrement optimisés et ambitieux. Comment cela se passe-t-il ?

Le projet Relev s’appuie sur une approche interdisciplinaire en intégrant des compétences en risques naturels (géographie, génie civil, géologie), aménagement du territoire (urbanisme, architecture, génie urbain) et sciences humaines (psychologie, sociologie, histoire), pour permettre d’améliorer la gestion de la reconstruction des territoires et des populations à la suite de catastrophes naturelles.Le projet se concentre sur le relèvement en cours des îles de Saint-Martin et Saint-Barthélemy, à la suite des ouragans Irma et Maria en septembre 2017. L’approche s’est articulée autour de deux temporalités d’étude pour mieux comprendre l’évolution des stratégies de développement de ces territoires exposés aux catastrophes naturelles : d’une part, une analyse historique des stratégies d’aménagement ante-Irma (de 1947 à 2017), d’autre part un retour d’expérience interdisciplinaire post-Irma (2017-2022) pour suivre la reconstruction de ces territoires. Ce retour d’expérience s’est focalisé plus particulièrement sur :• La reconstruction physique des infrastructures endommagées (bâtiments, infrastructures et réseaux techniques),• Le redémarrage des activités du tourisme et des PME en incluant les conséquences de la crise sanitaire de la Covid-19,• Le relèvement humain du point de vue individuel et collectif (état de stress, solidarité, vie sociale, autonomie économique, habitat, etc.),• La réorganisation de la gouvernance locale.L’objectif est de s’appuyer sur une approche intégrée pour contribuer à l’émergence de nouveaux savoirs sur l’efficacité des stratégies de reconstruction post-catastrophe et de renforcer de manière cohérente la résilience des territoires face aux catastrophes naturelles,et par là même, l’adaptation au changement climatique. Les enseignements du projet Relev documentent la gestion de la phase de reconstruction post-catastrophe à Saint-Martin et Saint-Barthélemy, et soulignent la pertinence de planifier cette phase selon des modalités proches de celles déjà adoptées pour anticiper et préparer la gestion de crise. L’analyse interdisciplinaire a permis de mieux comprendre les liens de causalité entre la gouvernance de ces 2 îles, le relèvement psychosociologique des sinistrés, la reconstruction des infrastructures endommagées, la reprise des activités touristiques et l’histoire de l’urbanisation d’îles exposées aux risques naturels.En amont de futures catastrophes, les enseignements du projet alimenteront également l’élaboration d’outils et de méthodes pour anticiper la gestion de la phase de reconstruction post-catastrophe. L’approche interdisciplinaire initiée dans le projet Relev nous incite à poursuivre cet effort de rapprochement et d’échange entre les disciplines à l’avenir, notamment sur des sujets mêlant enjeux environnementaux et sociétaux.

International audience; Introduction. Les médecins, premières personnes exposées et victimes des épidémies, sont au cœur des dispositifs de riposte à l’épidémie de Covid-19. Au printemps 2020, au cœur de la première vague épidémique, il est apparu essentiel de pouvoir documenter les connaissances, attitudes et pratiques (CAP) de ces maillons essentiels de la lutte contre la Covid-19 au Burkina Faso. Leur compréhension de la maladie, l’impact de la maladie sur leurs pratiques professionnelles, leur accès au matériel de protection, etc. sont autant d’aspects qui peuvent impacter directement la santé publique, nécessitant des prises de mesures par les autorités nationales. L’objectif principal de cette étude était de fournir aux acteurs nationaux impliqués dans la gestion de la crise des données probantes régulières et représentatives à l’échelle nationale sur les connaissances, attitudes et pratiques des médecins au Burkina Faso.Méthode. L’enquête CAP-CoV-BF a pu être financée dans le cadre du programme Aphro-CoV financé par l’Agence Française le Développement et mis en œuvre par le consortium REACTing. Le protocole de l’enquête a été développé en mai et juin 2020 et soumis au Comité d’Éthique pour la recherche en santé du Burkina Faso en juin 2020. L’enquête a été approuvée fin août. L’enquête CAP-CoV-BF est une série de trois vagues d’enquêtes quantitatives transversales (échantillons indépendants) par téléphone réalisée auprès d’un échantillon représentatif d’environ 200 médecins sur l’ensemble du territoire burkinabè. Les trois vagues ont été réalisées à différents stades de l’épidémie burkinabé : (i) alors que le nombre de cas était relativement peu important et plutôt stable en septembre 2020 ; (ii) début décembre 2020 alors que le pays faisait face au début d’un nouveau pic épidémique ; (iii) fin février 2021 à la fin de la vague épidémique ayant démarré en décembre 2020. La base d’échantillonnage était l’annuaire de l’ordre national des médecins du Burkina Faso (3548 médecins enregistrés). Résultats. Avant chaque vague d’enquête, 750 médecins étaient tirés au sort et recevaient un SMS de préannonce de l’enquête. Ils avaient la possibilité à cette étape de répondre au SMS pour refuser d’être appelé (vague 1 : 0 refus, vague 2 : 7, vague 3 : 9). L’envoi du SMS permettait également de vérifier si les numéros étaient toujours valides. Parmi les numéros valides et sans refus, un second échantillonnage était effectué. Chaque numéro de téléphone mis en production était rappelé au moins 5 fois (5 jours à des horaires différents) avant d’être considéré comme injoignable. Les refus de participer après décrochage sont restés relativement limités (respectivement 23, 5 et 10). Au final, 166 questionnaires ont été complété en 15 jours de collecte lors de la première enquête, 190 questionnaires en 13 jours pour la seconde et 203 questionnaires en 13 jours pour la troisième. Conclusion. Le dispositif d’enquête a permis de réaliser en des temps courts et avec un budget limité une enquête nationale et représentative des médecins au Burkina Faso. La passation par téléphone a permis à la fois de couvrir l’ensemble du territoire national tout en respectant les procédures de distanciations en vigueur.

International audience; While there is ample research in the social sciences on the role of private consulting firms in public action, their intervention in public management of health crises or epidemics is poorly studied. However, the COVID-19 pandemic has revealed a significant recourse to these firms by public administrations in many countries. The purpose of this exploratory review of scientific literature is to identify research on the involvement of these firms in the government of epidemics and health crises that have occurred since 2000. What do they say about the role of these firms, and what methods are used? The steps of the PRISMA-SCR model have identified only 24 references since 2000. The authors use three approaches to analyze the role of the firms: the managerial approach, consultocracy and the hybridization of the elites. This review reports on a blind point of scientific writing and calls for the conduct of empirical research on the subject.; Si la recherche en sciences sociales sur le rôle des cabinets de conseil privés dans l’action publique est foisonnante, leur intervention dans la gestion publique de crises sanitaires ou d’épidémies est peu étudiée. La pandémie de COVID-19 a pourtant révélé un recours important à ces firmes de la part d’administrations publiques de nombreux pays. Cette revue exploratoire des écrits scientifiques a pour objectif d’identifier les recherches qui portent sur la participation de ces cabinets au gouvernement d’épidémies et de crises sanitaires survenues depuis 2000 : que disent-elles du rôle de ces cabinets et quelles méthodes sont mobilisées ? Les étapes du modèle PRISMA-ScR ont permis d’identifier seulement 24 références depuis 2000. Trois approches sont mobilisées par les auteur·e·s qui déterminent leur analyses sur le rôle des cabinets : l’approche gestionnaire, la consultocratie et l’hybridation des élites. Cette revue permet de rendre compte d’un point aveugle des écrits scientifiques et appelle à la réalisation de recherches empiriques sur le sujet.

L'épidémiologie basée sur les eaux usées a été utilisée avec succès-et pour la première fois à une échelle mondiale-afin de suivre l'épidémie de COVID-19. L'OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées (OBEPINE) réunit des chercheurs issus de différents champs disciplinaires (virologie, hydrologie, mathématiques, microbiologie environnementale) ayant pour objectif commun de développer et de valider l'épidémiologie basée sur les eaux usées afin de suivre les infections microbiennes, et notamment virales. Couplée à un modèle mathématique innovant, la stratégie mise en place par OBEPINE a permis de suivre la dynamique de l'épidémie de COVID-19 sur près de 200 stations de traitement des eaux usées-soit près de 40 % de la population française-jusqu'en avril 2022. Le succès de cette démarche ouvre des perspectives majeures pour détecter et suivre les maladies infectieuses émergentes auxquelles nous serons inévitablement exposés dans un futur proche, en France et ailleurs. Wastewater-based epidemiology has been successfully used - and for the first time on a global scale - to monitor the COVID-19 epidemic. The OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées (OBEPINE) brings together researchers from different disciplinary fields (virology, hydrology, mathematics, environmental microbiology) with the common objective of developing and validating wastewater-based epidemiology to monitor microbial, and particularly viral, infections. Coupled with an innovative mathematical model, the strategy implemented by OBEPINE has made it possible to monitor the dynamics of the COVID-19 epidemic in nearly 200 wastewater treatment plants - i.e. nearly 40 % of the French population - until April 2022. The success of this approach opens up major prospects for detecting and monitoring emerging infectious diseases to which we will inevitably be exposed in the near future, in France and elsewhere.

Notre propos vise à interroger les reconfigurations du sens attribué à leur projet professionnel par les étudiant·e·s infirmier·ère·s engagé·e·s depuis mars 2020 dans la gestion de la crise sanitaire dûe à la pandémie de covid-19. À partir de l’analyse d’entretiens menés auprès d’étudiant·e·s en fin de formation ou de jeunes professionnel·le·s, nous cherchons à mettre en exergue en quoi la pandémie peut avoir modifié leur rapport au métier projeté, fondé sur de nouveaux savoirs considérés comme professionnels. Nous faisons l’hypothèse que l’écart entre leurs valeurs, leurs idéaux de soignant·e·s et leur vécu dans cette crise sanitaire, ont amené ces futur·e·s professionnel·le·s à prendre conscience de certaines limites tenues habituellement dans l’ombre, qui ont pu bouleverser la construction de leur identité de soignant·e, voire les ont amené·e·s à se penser dans un possible autre, voire parfois totalement autre en se détournant du projet professionnel initial. Cela les a conduit·e·s à investir un matériau symbolique (savoirs, valeurs) parfois ignoré jusque-là. My purpose is to question the reconfigurations of meaning attributed by nursing students involved since in managing the health crisis March 2020 to their professional project. Based on the analysis of interviews conducted with students currently at the end of their training and young professionals, I seek to highlight how the epidemic may have modified their relationship to their planned profession, based on new knowledge considered as professionals. I hypothesize that the gap between their values, their nursing ideals and their experience in this health crisis, led these future professionals to become aware of certain limits usually kept in the shadows, which could upset the construction of their caregiver identity, even led them to think of themselves in a possible other, or even sometimes totally other by turning away from the initial professional project. In doing so, this led them to invest in symbolic material (knowledge, values) that had sometimes gone unacknowledged until that point.

International and national preparedness policies assume that by anticipating and preparing for epidemics, these threats can be more effectively addressed. Public health surveillance is recognised as a pillar of preparedness, and at the local level it is recommended to improve the capacity to detect outbreaks through "community-based surveillance", carried out by populations. In Guinea, relying on community health workers has been promoted for carrying out surveillance and other public health interventions since the country experienced its first Ebola outbreak between 2013 and 2016. There are still few internationally published studies that analyse the implementation of these strategies. This thesis aims to identify the factors that hinder or favour community-based public health interventions, particularly concerning community actors and their insertion in the health system.In an approach that articulates public health and anthropology, the method used is based on observations in Conakry and the N'Zérékoré region, and interviews on epidemic preparedness and community health conducted with community health workers, health professionals and institutional actors. These data were supplemented by field surveys carried out in the context of the response to the Ebola epidemic that occurred in 2021, as well as in the context of the fight against Covid-19.The field survey, presented after a historical contextualisation of current epidemic preparedness interventions, shows that community-based surveillance is not yet fully deployed in Guinea. Like other surveillance and community health interventions carried out at the local level, the implementation of community-based surveillance is hampered by the precarious status of community health workers, who are still poorly integrated into the health system. When they are involved, like other health professionals, in the response to epidemics, these community actors still work in unfavourable conditions despite their involvement in the "front line". This is notably the case of the agents designated to carry out the follow-up of contact cases during the Ebola epidemic of 2021. In this context, community actors are nonetheless showing initiative, and are trying to improve the often difficult relationship between populations and the health system. In addition, a specific survey conducted among patients and professionals offers an ethically acceptable framework for the announcement of diagnosis or biological results in the context of surveillance.This thesis is part of the work on epidemic preparedness, which is rarely based on field surveys, especially in the South. Our results can guide institutions at the national, regional and global levels to develop surveillance and community health policies and interventions that are more acceptable to frontline actors and the populations concerned.; Les politiques de préparation aux épidémies menées aux niveaux international et national supposent qu’en anticipant la survenue d’épidémies et en s’y préparant, il est possible de lutter plus efficacement contre ces menaces. La surveillance de santé publique est reconnue comme un pilier de la préparation, et au niveau local il est recommandé d’améliorer les capacités de détection des émergences à travers la « surveillance à base communautaire », réalisée par et au plus près des populations. En Guinée, le recours aux agents communautaires est promu pour la réalisation de la surveillance et d’autres interventions de santé publique depuis que le pays a connu sa première épidémie d’Ebola entre 2013 et 2016. Il existe encore peu d’études publiées au niveau international qui analysent la mise en œuvre de ces stratégies. Cette thèse vise à identifier les facteurs qui entravent ou favorisent les interventions de santé publique à base communautaire, concernant notamment les acteurs communautaires et leur insertion dans le système de santé.Dans une approche qui articule la santé publique et l’anthropologie, la méthode employée repose sur des observations à Conakry et dans la région de N’Zérékoré, et des entretiens concernant la préparation aux épidémies et la santé communautaire menés auprès d’agents communautaires, de professionnels de santé et d’acteurs institutionnels. Ces données ont été complétées par des enquêtes de terrain menées en contexte de riposte à l’épidémie d’Ebola survenue en 2021, ainsi que dans le cadre de la lutte contre le Covid-19.L’enquête de terrain, présentée après une contextualisation historique des interventions actuelles de la préparation aux épidémies, montre que la surveillance à base communautaire n’est pas encore totalement déployée en Guinée. Comme les autres interventions de surveillance et de santé communautaire menées au niveau local, la réalisation de la surveillance à base communautaire est entravée par le statut précaire des agents communautaires, qui sont encore peu intégrés dans le système de santé. Quand ils s’engagent, comme d’autres professionnels de santé, dans la riposte aux épidémies, ces agents communautaires exercent toujours dans des conditions défavorables malgré leur implication en « première ligne ». C’est notamment le cas des agents désignés pour réaliser le suivi des cas contacts lors de l’épidémie d’Ebola de 2021. Dans ce contexte, les acteurs communautaires font néanmoins preuve d’initiatives, et tentent d’améliorer les relations souvent difficiles entre les populations et le système de santé. Par ailleurs, une enquête spécifique menée auprès de patients et de professionnels propose un cadre éthiquement acceptable pour l’annonce de diagnostic ou de résultats biologiques dans le cadre de la réalisation de la surveillance.Cette thèse s’inscrit dans les travaux sur la préparation aux épidémies, encore peu nombreux à être basés sur des enquêtes de terrain, notamment dans les pays du Sud. Nos résultats pourront guider les institutions de niveaux national, régional et global, pour élaborer des politiques et interventions de surveillance et de santé communautaire plus acceptables pour les acteurs de première ligne et les populations concernées.

"Ce numéro de la revue Global Africa est consacré à la réception de l'épidémie de Covid-19 sur le continent, aux enjeux sanitaires, sécuritaires et à la traduction locale des politiques épidémiques globales. Il rassemble les contributions d'anthropologues, de sociologues, d'historiens, et d'artistes traitant tous du rapport de l'Afrique à la viralité (virus, mesures de confinement, discours)"

Dans le contexte actuel, où l’émergence et la réémergence de pathogènes viraux ne cessent de croître et constituent un problème majeur de santé publique, le développement de nouveaux outils thérapeutiques est indispensable. L'ingénierie des virus recombinants est un outil prééminent pour déchiffrer la biologie des agents pathogènes viraux émergents tels que les Coronavirus, les Artérivirus ou encore les Flavivirus. Cependant, la grande taille et la complexité des génomes de certains de ces virus rendent les méthodes actuelles de génétique inverse difficiles. Ici, nous décrivons une méthode simple basée sur la technologie des « amplicons sous-génomiques infectieux » (ISA) pour générer des virus infectieux recombinants, ceci sans avoir besoin de reconstruction de l'ADNc génomique complet ni de clonage. Cette technique a été appliquée avec succès aux virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (PRRSV), du coronavirus entérique félin (FeCoV), du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) et de l’encéphalite à tiques (TBEV).Nous avons réussi à obtenir des virus recombinants « sauvages » avec des caractéristiques biologiques similaires aux souches d'origine pour l’ensemble de ces virus. Egalement, des mutations spécifiques et des gènes rapporteurs rouges fluorescents (mCherry) ont été incorporés dans le génome du SARS-CoV-2 et du TBEV permettant leur utilisation dans différents domaines de la virologie. En effet, les souches virales générées de novo ont pu être utilisées avec des essais de séroneutralisation ainsi que pour des tests de molécules antivirales. La rapidité et la simplicité de la méthode ISA a le potentiel d’accroître la génération de virus par génétique inverse, afin d'explorer les propriétés biologiques des virus et d'accélérer le développement de composés thérapeutiques efficaces. Cette méthode polyvalente, permettrait aussi de générer des souches génétiquement modifiées et atténuées pour le développement éventuel de candidats vaccins.