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L'épidémiologie basée sur les eaux usées a été utilisée avec succès-et pour la première fois à une échelle mondiale-afin de suivre l'épidémie de COVID-19. L'OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées (OBEPINE) réunit des chercheurs issus de différents champs disciplinaires (virologie, hydrologie, mathématiques, microbiologie environnementale) ayant pour objectif commun de développer et de valider l'épidémiologie basée sur les eaux usées afin de suivre les infections microbiennes, et notamment virales. Couplée à un modèle mathématique innovant, la stratégie mise en place par OBEPINE a permis de suivre la dynamique de l'épidémie de COVID-19 sur près de 200 stations de traitement des eaux usées-soit près de 40 % de la population française-jusqu'en avril 2022. Le succès de cette démarche ouvre des perspectives majeures pour détecter et suivre les maladies infectieuses émergentes auxquelles nous serons inévitablement exposés dans un futur proche, en France et ailleurs. Wastewater-based epidemiology has been successfully used - and for the first time on a global scale - to monitor the COVID-19 epidemic. The OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées (OBEPINE) brings together researchers from different disciplinary fields (virology, hydrology, mathematics, environmental microbiology) with the common objective of developing and validating wastewater-based epidemiology to monitor microbial, and particularly viral, infections. Coupled with an innovative mathematical model, the strategy implemented by OBEPINE has made it possible to monitor the dynamics of the COVID-19 epidemic in nearly 200 wastewater treatment plants - i.e. nearly 40 % of the French population - until April 2022. The success of this approach opens up major prospects for detecting and monitoring emerging infectious diseases to which we will inevitably be exposed in the near future, in France and elsewhere.

La crise de la Covid-19 a impacté le sport professionnel et amateur français avec la suspension des compétitions à partir du 12 mars 2020 puis l’arrêt prématuré et définitif de la saison 2019/20. C’est le cas du rugby professionnel masculin français pour lequel les championnats professionnels du TOP 14 (1re division) et de la PRO D2 (2e division) ont été suspendus puis clôturés définitivement. Le 1er mars 2020, la Ligue Nationale de Rugby (LNR) votait pour une saison sans vainqueur de championnat ni équipes promues et reléguées avec un classement arrê-té à la 17ème journée pour le TOP 14 et à la 23ème journée pour la PRO D2. En s’appuyant sur les travaux académiques menés sur le football amateur (Carin & Andreff, 2020), sur le basket professionnel (Carin, Desquennes, Jaworski et Andreff, 2021), cette recherche s’intéresse aux modèles économiques des clubs français professionnels masculins de rugby, à son évolution sur la période de 2008/09 à 2018/19 et aux effets économiques de la Covid-19 sur les finances des clubs.L’accès aux données financières des clubs professionnels des deux premières divisions et des échanges avec la Direction Nationale d’Aide au Contrôle de Gestion (DNACG) permettent de mieux cerner la répartition des revenus, des charges et la performance financière d’avant la crise Covid et d’apprécier les effets économiques à court terme de cette crise sur les saisons 2019/20 et 2020/21. Outre les effets économiques sur les deux premières saisons de la Covid, cette étude contribue à mettre en évidence la gestion de crise des organisations sportives de rugby profes-sionnel français. The Covid-19 crisis has had an impact on French professional and amateur sport with the suspension of competitions from 12 March 2020 and the premature and definitive closure of the 2019/20 season. This is the case for French men's professional rugby, for which the TOP 14 (1st division) and PRO D2 (2nd division) professional championships have been suspended and then definitively closed. On 1 March 2020, the French National Rugby League (LNR) voted for a season without a championship winner or promoted and relegated teams, with the rankings stopped at day 17 for the TOP 14 and day 23 for the PRO D2. Based on academic work carried out on amateur football (Carin & Andreff, 2020) and professional basketball (Carin, Desquennes, Jaworski and Andreff, 2021), this research focuses on the economic models of French professional men's rugby clubs, its evolution over the period from 2008/09 to 2018/19 and the economic effects of Covid-19 on club finances. Access to the financial data of professional clubs in the first two divisions and exchanges with the Direction Nationale d'Aide au Contrôle de Gestion (DNACG) allow us to better understand the distribution of revenues, expenses and financial performance before the Covid crisis and to assess the short-term economic effects of this crisis on the 2019/20 and 2020/21 seasons. In addition to the economic effects on the first two seasons of the Covid, this study helps to highlight the crisis management of French professional rugby sports organisations.

Notre recherche s’intéresse aux dynamiques d’appropriation des dispositifs collaboratifs de travail à distance dans le cadre de la continuité pédagogique induite par le confinement lié à la Covid- 19 et mis en place par le département métiers du livre et du patrimoine (MLP) de l’Institut Universitaire de Technologie (IUT) d’Aix-en-Provence, composante d’Aix-Marseille Université (AMU). La focale sera portée sur le logiciel Discord qui a été majoritairement retenu par l’équipe pour assurer la formation et le suivi des étudiants à distance. Un outil, tel que Discord, par son affordance, et sa reconfiguration trans spatiale, produit des usages accompagnés d’une activité réflexive de la part des étudiants. Elle révèle, avec d’autres marqueurs tels que les nouvelles modalités d’aide et de travail en groupe, comment se maintient et se prolonge la dynamique de “communauté d’apprentissage” propre au département MLP. Elle est d’autant plus destinée à favoriser la persévérance, avec ses moyens propres, qu’elle est chargée d’assurer la continuité pédagogique.

International audience; L’article revient sur la façon dont a été vécu le premier confinement dans deux établissements accueillant des personnes en situation de handicap, l’un situé en Île-de-France et l’autre en Lozère. Le confinement - qui s’apparente à un verrouillage des deux structures - est venu freiner le processus d’inclusion sociale des personnes en situation de handicap puisque la protection des personnes (fermeture, aseptisation des lieux, réagencements spatiaux) a pris le pas sur les autres missions d’accompagnement. Nous montrerons néanmoins que les professionnels ont tenté de protéger les résidents du virus tout en préservant les activités et les contacts entre l’intérieur et l’extérieur

Le commerce intra-européen des viandes et coproduits du porc : tendances et évolutions récentes des principaux flux et identification des marchés d'intérêt. Le marché des pièces de découpe se place au coeur du commerce intra-européen. Chaque année, près de 8 millions de tonnes de produits du porc sont échangées entre les Etats membres de l'Union européenne (UE), soit environ un tiers de la production de l'UE-28. Parmi ces produits du porc, les pièces de porc représentent 60% des échanges, mais les produits transformés, les lards et les abats contribuent également fortement. Face à l'importance du commerce intra-européen, l'objectif de l'étude est de préciser ses caractéristiques en termes de volume, de valeur et de prix unitaire moyen par produit. L'étude permet de comprendre quelles sont les spécificités du marché européen et de mettre en exergue l'évolution dans le temps des types de produits exportés et des principaux acteurs du commerce. Les statistiques du commerce international d'Eurostat permettent de suivre les flux commerciaux en volume et en valeur entre les pays pour diverses catégories de produits définies par la Nomenclature Combinée à 8 chiffres. L'analyse statistique porte sur la période 2000-2020. Depuis 2000, les échanges de produits du porc n'ont cessé de se développer, en particulier pour les pièces désossées. Ceci est en lien avec une production européenne croissante et la recherche de valeur ajoutée, poussant les opérateurs vers une élaboration des pièces de découpe. Néanmoins, face à l'intensification des exportations vers l'Asie et surtout la Chine ces trois dernières années, à la crise de la Covid-19 en 2020, et à l'introduction de la peste porcine africaine en Allemagne, les dynamiques habituelles sont perturbées. Les cartes du commerce intra-européen ont été redistribuées avec une forte inflexion des exportations des pièces de découpe. Intra-European trade in meat and pork coproducts: recent trends and developments in the main flows and identification of markets of interest The market for meat cuts lies at the heart of intra-European trade. Each year, nearly 8 million tons of pork products are traded between member states of the European Union (EU), or around one-third of the EU-28's production. Among these pork products, pork cuts represent 60% of trade, but processed products, bacon and offal also contribute greatly. Given the importance of intra-European trade, the objective of the study was to specify its volume, value, and average unit price per product. The study helps understand specific characteristics of the EU market and highlight dynamics of the types of products exported and the main trading partners. Eurostat's international trade statistics make it possible to monitor the volume and value of trade flows between countries for a variety of product categories defined by an 8-digit Combined Nomenclature. The statistical analysis covered the period 2000-2020. Since 2000, trade in pork products has grown steadily, especially in boneless cuts. This is in line with increasing EU production and the search for added value, which pushes operators to produce cuts. However, faced with the increase in exports to Asia, especially China, in the past three years, the COVID-19 crisis in 2020, and the appearance of African swine fever in Germany, the usual dynamics have been disrupted. The map of intra-European trade has been reconfigured, with a sharp drop in exports of cuts. The market for meat cuts lies at the heart of intra-European trade. Each year, nearly 8 million tons of pork products are traded between member states of the European Union (EU), or around one-third of the EU-28's production. Among these pork products, pork cuts represent 60% of trade, but processed products, bacon and offal also contribute greatly. Given the importance of intra-European trade, the objective of the study was to specify its volume, value, and average unit price per product. The study helps understand specific characteristics of the EU market and highlight dynamics of the types of products exported and the main trading partners. Eurostat's international trade statistics make it possible to monitor the volume and value of trade flows between countries for a variety of product categories defined by an 8-digit Combined Nomenclature. The statistical analysis covered the period 2000-2020. Since 2000, trade in pork products has grown steadily, especially in boneless cuts. This is in line with increasing EU production and the search for added value, which pushes operators to produce cuts. However, faced with the increase in exports to Asia, especially China, in the past three years, the COVID-19 crisis in 2020, and the appearance of African swine fever in Germany, the usual dynamics have been disrupted. The map of intra-European trade has been reconfigured, with a sharp drop in exports of cuts.

Élaboré en urgence pour répondre de façon équitable et multilatérale à la pandémie du SARS-Cov-2, le Mécanisme COVAX est l’une des branches de l’initiative internationale lancée par l’Organisation mondiale de la Santé (l’« Accélérateur ACT »), dédiée à la recherche, l’achat et la répartition mondiale des vaccins. Ce mécanisme est désormais opérationnel. L’objectif de couvrir les besoins en vaccination de 20 % de la population fragile des pays les plus vulnérables face à la COVID-19 (soit 1,3 milliard de personnes) est certes ambitieux ; trente-huit millions de vaccins ont été à ce jour distribués dans cent pays grâce à lui. Il est donc proposé d’en faire une analyse juridique, car le Mécanisme COVAX exprime en effet nombre de problèmes de la solidarité contemporaine (fondés sur l’éthique et les partenariats volontaires) tout en faisant progresser une conception transversale et unifiée de la vulnérabilité au niveau mondial.

On étudie dans cette thèse la modélisation macroscopique des mouvements de foule dans le cas d'une population divisée en plusieurs types ayant des comportements différents, ainsi que le développement de modèles d'épidémiologie dits ``SIR'' permettant l'analyse de la propagation d'une maladie infectieuse dans une école. Ces deux problématiques ont été étudiées séparément~: au sujet initial (les mouvements de foule) s'est superposé le problème de modélisation d'épidémie en milieu scolaire suite à une sollicitation de MODCOV19, une plateforme créée par le CNRS et l'INSMI pour centraliser et coordonner les projets de modélisation autour de l'épidémie de COVID-19. Cette thèse est donc composée de deux parties indépendantes. On analyse d'une part la convergence de différents schémas numériques découlant d'approches différentes de l'équation de mouvement de foule à deux types - flot gradient, catching-up, volumes finis. On étudie également l'homogénéisation de modèles microscopiques de particules vers le problème macroscopique. On s'intéresse enfin au problème inverse d'identification des paramètres des modèles étant donnée l'observation d'un mouvement de foule. D'autre part, on développe un type de modèle SIR dit ``condensé'', où les quantités épidémiologiques sont définies à l'échelle de groupes d'individus. On analyse formellement la qualité du processus de condensation lorsque l'on a accès à l'ensemble des interactions dans la population, et on présente l'implémentation effective réalisée en collaboration avec MODCOV19. We study in this thesis the macroscopic modelling of crowd motion in the case of a population divided in several types that may have different behaviours, as well as the development of SIR models in order to analyse the spread of an infectious disease in a school. These two issues were studied separetely. As the original topic of this thesis was crowd motion, we answered to a proposition of MODCOV19 - a platform created by CNRS and INSMI to centralize and coordinate modeling projects on the COVID-19 outbreak - to design epidemiological models adapted to school media. This work is thus composed of two independent parts. On the one hand we analyse the convergence of several numerical schemes that stem from different standpoints on the macroscopic crowd motion equation - optimal transport, gradient flow, finite volumes. We study as well the homogenization of microscopic models of particles towards the macroscopic model. We eventually investigate the inverse problem of identifying of the parameters of a model, being observed the motion of a crowd. On the other hand, we develop a class of ``condensed'' SIR models, where the epidemiological quantities are defined at the scale of groups of individuals. We formally analyse the quality of the condensation process when a full description of the interaction within the population is available. We then detail the implementation carried out in collaboration with MODCOV19.

Le cadre de cette thèse est l’inférence pour des dynamiques épidémiques partiellement observées. Le développement d’approches pour l’estimation de paramètres de ces dynamiques à partir des observations de leur suivi est un premier enjeu important, cependant difficile du point de vue statistique. En effet, les données sont généralement recueillies à des temps discrets et sujettes à des erreurs de report et/ou de mesure. A cela s’ajoute la présence de composantes non-observées dans les modèles mécanistes servant à décrire les épidémies, rendant nécessaire l’utilisation d’algorithmes pour l’inférence (cadre des modèles à variables latentes). Par ailleurs, des dynamiques multiples d’une même épidémie peuvent être observées dans des sites géographiques distincts ou à des périodes différentes. La prise en compte explicite de la variabilité inter-épidémies dans la modélisation constitue un deuxième enjeu. Nous considérons des dynamiques épidémiques en population de taille finie modélisées par des processus Markoviens de sauts dépendant de la densité. A travers une approche s’appuyant sur leur approximation par des processus de diffusion, les dynamiques épidémiques sont décrites par des processus Gaussiens à petite variance. En considérant également une approximation Gaussienne du modèle des observations, nous nous plaçons dans le cadre des modèles à espace d'état Gaussiens et linéaires en les états du système. Dans ces modèles, la vraisemblance des observations peut s'obtenir via des techniques de filtrage de Kalman, que nous combinons avec une procédure d'optimisation pour estimer les paramètres. Puis, dans le cas d'épidémies multiples, nous utilisons le cadre des modèles à effets mixtes permettant de décrire de façon plus fine et originale les différentes sources de variabilité entre plusieurs jeux de données recueillis à partir d'épidémies multisites ou récurrentes. Dans ces modèles, des distributions sont spécifiées pour les paramètres, ce qui permet de prendre en compte la variabilité inter-épidémies. Pour estimer les paramètres de ces distributions, nous combinons des techniques de filtrage de Kalman et l’algorithme stochastique SAEM. Dans un premier temps, les différentes méthodes développées dans cette thèse sont évaluées sur des jeux de données simulées d’épidémies décrites par des processus Markoviens de sauts. La mise en œuvre sur des données réelles porte sur l'incidence quotidienne de syndromes grippaux entre 1990 et 2017 en France (épidémies récurrentes) et les données hospitalières relatives à la Covid-19 dans 12 régions de la France métropolitaine pendant le printemps 2020 (épidémies multisites). The context of this thesis is the inference for partially observed epidemic dynamics. The development of approaches for estimating parameters of these dynamics from observations of their follow-up is a first important challenge, but difficult from a statistical point of view. Indeed, the data are generally collected at discrete time points and subject to reporting and/or measurement errors. Additionally, the presence of unobserved components in the mechanistic models used to describe the epidemics requires the use of inference algorithms (latent variable model framework). Furthermore, multiple dynamics of the same epidemic event can be observed in different geographic locations or at different times. A second challenge is to explicitly take into account inter-epidemic variability in the modeling. We consider epidemic dynamics in fixed population size modeled by Markovian density-dependent jump processes. Through an approach based on their approximation by diffusion processes, the epidemic dynamics are described by Gaussian processes with small variance. Considering a Gaussian approximation of the observational model, we adopt the framework of the Gaussian state space models and linear in the system states. In these models, the likelihood of the observations can be obtained via Kalman filtering techniques that we combine with an optimization procedure to estimate the parameters. Then, in the case of multiple epidemics, we use the framework of the mixed effects models allowing to describe in a more refined and original way the different sources of variability between several data sets collected from multisite or recurrent epidemics. In these models, distributions are specified for the parameters, which allows to take into account the inter-epidemic variability. To estimate the parameters of these distributions, we combine Kalman filtering techniques and the stochastic SAEM algorithm. The different methods developed in this thesis are first assessed on simulated epidemic data sets described by Markovian jump processes. The implementation on real data concerns the daily incidence of influenza-like illness between 1990 and 2017 in France (recurrent epidemics) and hospital data related to Covid-19 in 12 regions of metropolitan France during spring 2020 (multisite epidemics).

Si les femmes sont plus diplômées dans l’enseignement supérieur, elles sont sous-représentées dans le milieu de la recherche en France et plus largement dans le monde, selon le rapport de l’UNESCO en 2021. En outre, la crise de la Covid-19 semble avoir impacté les chercheuses, en particulier les plus jeunes, qui ont vu leur production académique réduite par rapport à celle de leurs collègues masculins. Suite à ces constats et interpelées par cette situation, notre ambition en 2021 a donc été de promouvoir la place des femmes (et notamment de celles qui n’ont pas de poste permanent) dans nos disciplines à travers la création d’un événement international, de 2 jours d’échanges scientifiques, ouvert à toutes et tous à l’occasion de la Journée internationale des droits des femmes : la Conférence Virtuelle des Jeunes Chercheuses Archéologues et Paléontologues (VCWAP). Celle-ci visait à offrir à ces jeunes chercheuses une opportunité de gagner en visibilité, en présentant les récents développements de leurs travaux de recherche. Cet événement est l’occasion de partager et de croiser nos approches sur l’étude des environnements et de la biodiversité dans l’ancien et d’échanger sur les difficultés rencontrées par les chercheuses dans nos domaines. Les 8 et 9 mars 2021, en pleine pandémie, plus de 200 participant(e)s provenant de 19 pays différents ont assisté aux 51 communications scientifiques et participé à la table ronde visant à discuter des problématiques rencontrées spécifiquement par les femmes dans nos disciplines. Suite à ce succès et aux retours exprimant le besoin de telles manifestations, nous avons décidé de reconduire cet évènement de façon annuelle. Pour la seconde édition les 7 et 8 mars 2022, 43 chercheuses ont présenté leurs travaux et une table ronde sur le syndrome de l'imposteur a généré de nombreux échanges très intéressants. Par ailleurs, nous avons fondé l'Association pour les Jeunes Chercheuses Archéologues et Paléontologues (AWAP), ouverte à toute personne désireuse de participer à la construction d'une science plus équitable.