• COVID-19
• Publicationsclose
• Other research productsclose
• 2017-2021close
• Open Access close
• FR close
• French close
• Hal-Diderot close
• Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société close
• Hyper Article en Ligne close
• HAL-IRD close
• HAL - UPEC / UPEM close
• COVID-19 close

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

RNA-seq technology is the new standard for measuring gene expression. Its variations can be linked to many pathologies or phenotypes and can be detected by statistical methods called differential analysis. The purpose of differential analysis is to identify genes whose expression is significantly associated with a set of variables. The increasing complexity of experimental designs requires more flexible approaches, in terms of the nature of the variables to be tested and the covariates to take into account, while controlling the false discovery rate. We introduce a new differential analysis method for bulk RNA-seq data based on a linear mixed effects model and a variance component score test. Through a simulation study and the analysis of a real-world Tuberculosis data set, it is shown that our method retains good statistical power and limits the number of potential false positives, compared to the most popular methods. While bulk RNA-seq data represent the average expression of a cell population, the recent development of single-cell RNA-seq technology allows to measure gene expression at the cell level, providing a new biological resolution. The specificity of this type of data lies in the large number of zeros and the heterogeneity of the distributions, often multimodal, making modelling difficult. In order to combine flexibility and distribution-free tool, we propose an approach based on a conditional independence test which relies on an original estimation of conditional cumulative distribution functions using multiple regressions. We apply it to a real data set of SARS-CoV-2 reactive CD8+ T cells, in order to identify genes differentially expressed in three COVID-19 severity groups while considering seven different cell subpopulations.; La technologie RNA-seq s’impose comme le nouveau standard pour la mesure de l’expression génique. Ses variations peuvent être mises en lien avec de nombreuses pathologies ou phénotypes et peuvent être détectées par des méthodes statistiques dites d’analyse différentielle. L’objectif de l’analyse différentielle est d’identifier les gènes dont le niveau d’expression est significativement associé à un ensemble de variables. La complexité grandissante des schémas expérimentaux exige des approches plus flexibles, par la nature des variables à tester et par la prise en compte de covariables, tout en maîtrisant le taux de fausses découvertes. Nous introduisons une nouvelle méthode d’analyse différentielle pour données RNA-seq en masse reposant sur un modèle linéaire à effets mixtes et un test du score en composante de variance. Par une étude de simulations et une analyse d’un jeu de données réelles sur la Tuberculose, il apparaît que notre méthode conserve une bonne puissance statistique et limite le nombre de potentiels faux positifs, comparativement aux méthodes les plus populaires. Tandis que les données RNA-seq en masse correspondent à l’expression moyenne d’une population cellulaire, l’émergence récente de la technologie RNA-seq en cellule unique a permis de mesurer le niveau d’expression des gènes à l’échelle de la cellule offrant ainsi une résolution biologique inédite. La particularité de ce nouveau type de données réside dans le nombre important de zéros et l’hétérogénéité des distributions, souvent multimodales, rendant la modélisation difficile. Afin d’allier flexibilité et absence d’hypothèse distributionnelle, nous proposons une approche basée sur un test d’indépendance conditionnelle qui s’appuie sur une estimation originale des fonctions de distribution conditionnelles par des régressions multiples. Nous l’appliquons à un jeu de données réelles de cellules T CD8+ réactives au SARS-CoV-2, afin d’identifier les gènes différentiellement exprimés dans trois groupes de gravité COVID-19 tout en tenant compte de sept sous-populations cellulaires différentes.

National audience; Saisi par voie de référé-liberté par madame Clémentine Autain et « La France insoumise », le Conseil d’État devait trancher la question de la légalité de dispositions fixées par décret encadrant, pour des raisons liées à l’épidémie de Covid 19, la liberté de réunion et de manifestation en période électorale. Par une ordonnance du 11 juin 2021, la Haute juridiction administrative applique en l’espèce des méthodes classiques visant à concilier des normes d’égale valeur constitutionnelle, à contrôler la proportionnalité des mesures de police adoptées et à assurer le respect du principe d’égalité. De manière plus audacieuse, il interprète les dispositions attaquées afin de les « sauver » comme ne limitant pas le nombre de participants possible à une réunion électorale.

Les PME constituent l'épine dorsale de toute économie (Eggers, 2020). Ainsi, lorsque la pandémie COVID-19 a surgi toute l’économie est mise en péril et les PME sont durement touchées. Les premiers chiffres paraissent certes, alarmants, toutefois les perspectives de sortie de ce tourbillon demeurent optimistes. À fin 2020, plus que 95% des PME marocaines ont pu maintenir leur activité (HCP, 2021) dont une bonne partie a fait preuve de résilience et d’agilité et a pu surmonter, relativement, les effets dévastateurs de la crise. Notre recherche vise, alors, à étudier les déterminants clés explicatifs de la réussite des PME marocaines en temps de crise sanitaire et économique COVID-19 en mettant l’accent sur trois principales dimensions: l’environnement, l’entrepreneur et les ressources mobilisées. Pour ce faire, nous avons mené une étude qualitative via des entretiens individuels semi-directifs auprès d’un échantillon de type aléatoire simple composé de 20 entrepreneurs œuvrant dans la région de Rabat-Salé-Kenitra. Les résultats obtenus ont montré que bien que le gouvernement marocain a développé une panoplie de mesures d’appui et de soutien aux PME, la majorité des entrepreneurs considérait que la réussite de leur entreprise est inhérente principalement à des facteurs endogènes liés à leur engagement, leur motivation et aux ressources propres mises à leur disposition et subsidiairement, aux facteurs exogènes liés aux caractéristiques du contexte et aux opportunités offertes par l’environnement où ils opèrent. Mots- clés : PME, réussite, crise, résilience, facteurs. Classification JEL: H 12, P47, F64. Type de l’article : Recherche appliquée SMEs are the backbone of any economy (Eggers, 2020). Thus, when the COVID-19 pandemic emerged, the entire economy was put at risk and SMEs were hit hard. The first figures seem to be alarming, but the prospects for emerging from this vortex remain optimistic. At the end of 2020, more than 95% of Moroccan SMEs have been able to maintain their activity (HCP, 2021), many of which have shown resilience and agility and have been able to overcome the devastating effects of the crisis. Our research aims, then, to study the key determinants explaining the success of Moroccan SMEs in times of health and economic crisis COVID-19 by focusing on three main dimensions: the environment, the entrepreneur and the resources mobilized. To this end, we conducted a qualitative study through individual semi-directive interviews with a simple random sample of 20 entrepreneurs operating in the Rabat-Salé-Kenitra region. The results obtained showed that although the Moroccan government has developed a wide range of support measures for SMEs, the majority of the entrepreneurs considered that the success of their business is mainly due to endogenous factors related to their commitment, their motivation and the resources at their disposal, and secondarily, to exogenous factors related to the characteristics of the context and the opportunities offered by the environment in which they operate. Keywords: SME, success, crisis, resilience, factors. JEL Classification : H 12, P47, F64. Paper type: Empirical research.

Les mesures de confinement imposées aux établissements d’enseignement supérieur au premier semestre 2020 en Europe ont nécessité une migration d’urgence vers l’enseignement en ligne pour assurer la continuité des enseignements. Bien qu’un soutien ait été généralement proposé aux enseignants, il leur a fallu s’adapter d’urgence à ces nouvelles conditions de travail. Cette situation particulière a offert l’opportunité de mieux comprendre la complexité du défi auquel ont dû faire face les enseignants. L’objectif de cet article est de mettre en évidence les premières réactions des enseignants du supérieur afin de repérer leurs priorités d’action et d’éventuelles évolutions de leur rapport au numérique. Pour cela, l’article s’appuie sur les résultats d’une enquête menée auprès d’enseignants de trois universités en Suisse et en France dans le bassin du Rhin supérieur. À cet effet, un questionnaire diffusé à la fin du premier confinement au printemps 2020 a permis de recueillir 616 réponses. Le questionnaire administré a porté sur les pratiques, mais aussi sur le « ressenti » des enseignants durant trois périodes : l’avant-confinement, la période de basculement vers le tout à distance et l’après-confinement. Les premiers résultats montrent que ce recours massif à l’enseignement en ligne a été dominé par le besoin de maintenir la relation avec les étudiants. Ils suggèrent aussi que la pandémie a amélioré l’acceptabilité de l’enseignement en ligne, sans pour autant garantir son adoption pérenne. The lockdown of higher education institutions in the European spring semester 2020 required an emergency migration to online teaching. Although support was offered to lecturers, the necessity to adapt to the situation remained in charge of them. This particular situation offers the opportunity to better understand the complexity of the challenge faced by the teachers and the possible evolution of their relationship to digital education. The main goal of this paper is to highlight the teachers’ first reactions, their priorities, and any changes in their relationship to educational technologies. Lecturers and teachers from three universities (N= 616) from the Upper Rhine region in Switzerland and France completed an online survey just after the spring 2020 lockdown. The questionnaire asked them about their practices and their feelings over three periods: before the lockdown, the period of switching to online lessons, and after lockdown. The first results show the effects produced by this massive use of online education and first and foremost the need to maintain the relationship with the students. They also suggest that the pandemic has improved the acceptability of online education, without ensuring its sustainable adoption.

Objective: This research explores the relationship between the governance of nonprofit organizations and their overall performance, which also includes their impact on their stakeholders. It therefore has analytical objectives around stakeholder relationships: with whom to work and to whom to be accountable? How to be accountable and strengthen the links with them? What accounts to give and what are the evaluation criteria? The effects of governance, the forms taken by accountability and the social construction of organizational performance and impact are therefore particularly studied.Approach and method: The main anchor is the contingent vision of organizations, to which the stakeholder and resource dependency theories belong. Based on a hypothetico-deductive approach inserted in the critical realist epistemic paradigm (PERC), the hypotheses from the literature are tested using methods of textual data analysis, logistic and linear multiple regressions, and structural equation models. The analyses focused on data from the largest French nonprofit organizations, on a questionnaire of nonprofit leaders during the Covid-19 crisis, on a survey of individual stakeholders, and on the case of the Young Farmers.Results: The conducted studies have shown that governance mechanisms can be explained by the sector and the actions of the nonprofits. However, the links between governance and overall performance need to be studied on a case-by-case basis. The same is true for the effects of accountability on performance. The short-term performance of nonprofit organizations, i.e., their viability, is enhanced by maintaining governance arrangements, while the adoption of a societal orientation has contrasting effects on viability. Finally, governance improves impact and relationship quality with stakeholders, which has a positive effect on organizational impact. However, these results need to be studied in detail in terms of governance mechanisms, stakeholders and performance dimensions.Theoretical implications: The obtained results enable to meet the objectives set. Thus, the contingent view of governance in nonprofit organizations leads to a strong adaptability (within each organization and to its stakeholders). Reporting is a crucial accountability mechanism but the relationship with stakeholders is particularly relevant too. Finally, all of the concepts discussed are contingent, making it possible to explain an emotional and subjective vision of impact as well as the multidimensionality of performance. The theories mobilized are therefore particularly adapted to nonprofit organizations and their operationalization has been revisited.Practitioner and societal implications: The results call for a reasonable and flexible measurement of the impact of nonprofit organizations and underline the crucial character of governance to improve performance and impact, in spite of mistrust. Stakeholder prioritization is crucial to avoid the problems associated with holistic accountability. The components of relationship quality can then become criteria for prioritizing stakeholders, as they vary among stakeholders and have an effect on performance and impact.; Objectif : La présente recherche explore la relation entretenue entre la gouvernance des organisations à but non lucratif et leur performance globale, qui inclut également leur impact sur leurs parties prenantes. Elle affiche donc des objectifs analytiques autour des liens avec les parties prenantes : avec qui œuvrer et à qui rendre des comptes ? comment rendre des comptes et raffermir les liens avec elles ? quels comptes rendre et quels sont les critères d’évaluation ? Les effets de la gouvernance, les formes prises par la reddition des comptes et la construction sociale de la performance et de l’impact organisationnels sont donc particulièrement étudiés.Approche et méthode : L’ancrage principal est la vision contingente des organisations, à laquelle appartiennent les théories des parties prenantes et de la dépendance aux ressources. A partir d’une démarche hypothético-déductive insérée dans le paradigme épistémique réaliste critique (PERC), les hypothèses issues de la littérature sont testées à partir de méthodes d’analyses de données textuelles, de régressions multiples logistiques et linéaires ainsi que de modèles d’équations structurelles. Les analyses ont porté sur les données des plus grandes associations françaises, sur un questionnaire auprès des dirigeants associatifs pendant la crise de la Covid-19, sur une enquête auprès de parties prenantes individuelles ainsi que sur le cas des Jeunes Agriculteurs.Résultats : Les études menées ont permis de montrer que les mécanismes de gouvernance s’expliquent notamment grâce au secteur et aux actions de l’association. En revanche, les liens entre gouvernance et performance globale sont à étudier au cas par cas. Il en va de même pour les effets de la reddition des comptes sur la performance. La performance à court-terme des associations, à savoir leur viabilité, est renforcée par le maintien des dispositifs de gouvernance tandis que l’adoption d’une orientation sociétale a des effets contrastés sur la viabilité. Enfin, globalement, la gouvernance améliore l’impact et la qualité de relation avec les parties prenantes qui elle-même a un effet positif sur l’impact organisationnel. Cependant, ces résultats doivent être étudiés dans le détail des mécanismes de gouvernance, des parties prenantes et des dimensions de la performance.Implications théoriques : Les résultats obtenus permettent de répondre aux objectifs fixés. Ainsi, la vision contingente de la gouvernance des organisations à but non lucratif conduit à une forte adaptabilité (dans chaque organisation et à ses parties prenantes). Le reporting est un mécanisme crucial de reddition des comptes mais la relation avec les parties prenantes est aussi particulièrement pertinente. Enfin, l'ensemble des concepts abordés sont contingents, permettant d'expliquer une vision émotionnelle et subjective de l’impact ainsi que la multidimensionnalité de la performance. Les théories mobilisées sont donc particulièrement adaptées pour les associations et leur opérationnalisation a été revisitée.Implications praticiennes et sociétales : Les résultats invitent à une mesure raisonnable et flexible de l’impact des organisations à but non lucratif et soulignent le caractère crucial de la gouvernance pour améliorer la performance et l’impact, en dépit des méfiances. La priorisation des parties prenantes est en outre cruciale, pour éviter les problèmes associés à la reddition des comptes holistique. Les composantes de la qualité de relation peuvent alors devenir des critères de hiérarchisation et de priorisation des parties prenantes, car elles varient selon les parties prenantes et ont un effet sur la performance et l’impact.

L'apparition de la pandémie de Sars-CoV-2 a généré un climat d'incertitude généralisé et a imposé des ajustements soudains dans les modes de vie et les relations sociales, dans les temps et les formes de travail, dans les pratiques de l'administration territoriale et dans de nombreux autres domaines de la sphère publique et privée. Les concepts d'urgence et de crise sanitaire, ainsi que les outils de gouvernance qui leur sont associés, ont représenté les principales catégories à travers lesquelles le phénomène a été pensé, communiqué et mis en œuvre par les institutions et agences nationales et supranationales. Cela s'est fait au détriment d'une approche holistique et d'une perspective temporelle de plus long terme, capable de faire ressortir le réseau articulé de relations entre les différentes sphères et échelles de la société qui a conditionné l'étendue et les caractéristiques de la situation pandémique à l'échelle nationale et internationale.

Ce rapport intègre les résultats d’une enquête complémentaire réalisée à la Universidad Pontificia Bolivariana de Medellín, qu’il nous a semblé intéressant de conserver ici. Cette enquête complémentaire n’a pas été financée sur le Projet Ville.; La proposition qui est développée dans ces pages consiste d’une part à s’intéresser au rôle des grandes universités dans la production urbaine et, plus spécifiquement dans une approche de type expérimentale et, d’autre part à considérer que ces universités peuvent également être appréhendées comme si elles étaient elles-mêmes des villes ou des quartiers de villes, en capacité à expérimenter de nouveaux services auprès de leur population. Ce travail présente les résultats des enquêtes sur la vie quotidienne sur 4 campus universitaires de trois villes (UT2J et UT3 PS à Toulouse, Champollion à Albi et UPB à Medellin) et ce en quoi le recours aux technologies numériques participe à l’amélioration de l’accès aux services en prenant en compte les enjeux du développement durable. Également la proposition d’une application fruit des apports des usagers des campus. Le projet « CAPARI : du CAmpus PArtagé à la Région Intelligente » s’inscrit dans l’appel à projets « Recherche et sociétés » de la Région Occitanie. Il est porté par deux laboratoires de recherche du site universitaire toulousain, le LISST-Cieu (UT2J) et l’IRIT (UPS) et s’intègre dans l’opération scientifique neOCampus1 de l’Université Paul Sabatier. De mars 2020 à avril 2021, nous avons été confrontés à des changements radicaux dans notre vie sociale et dans notre vie au travail ou dans nos études et ceci en raison de la pandémie de la COVID 19. Bien que le projet CAPARI n’ait pas été conçu pour aborder les enjeux et les problèmes liés à ce contexte très particulier, il apporte des éléments sur lesquels nous appuyer pour penser nos campus du futur. D’une certaine manière, la crise pandémique a rendu plus urgents ou plus évidents la mise en œuvre, sur des campus considérés comme des territoires-tests pour des expérimentations qui avaient été pensées comme au cœur du projet Capari et qui consistaient à développer des pratiques « éco-responsables » ou « éco-citoyennes » en lien avec l’usage des technologies numériques.

International audience

International audience; Pour citer cet article : Atteintes myocardiques au cours de la maladie à coronavirus 19 (Covid-19) : principaux mécanismes physiopathologiques et utilité clinique des biomarqueurs cardiaques.