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Les coronavirus sont une famille de virus qui infectent un grand nombre de mammifères et d’oiseaux. Cette famille de virus est connue pour sa capacité à franchir les barrières d’espèces et à en infecter de nouvelles. La pandémie actuelle de COVID-19 (coronavirus disease 19) est la conséquence de la troisième émergence de coronavirus, la plus récente, dans la population humaine depuis le début du siècle, celle du SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2). Les coronavirus sont des virus enveloppés à ARN simple brin de polarité positive, qui, comme tous les virus, exploitent la machinerie cellulaire pour se multiplier. À ce jour, il n’existe aucun vaccin ni traitement antiviral spécifique pour lutter contre les coronavirus, mais plusieurs pistes thérapeutiques sont explorées pour traiter le COVID-19.

Dès les premières semaines de l’épidémie de la Covid-19, en France, plusieurs voix se sont levées pour dire que l’heure n’était pas à la réflexion éthique, mais à l’action, en soulignant néanmoins l’importance d’un retour d’expérience à l’issue de l’urgence. Dans cette visée, le Centre d’éthique clinique de l’AP-HP a proposé, dès la fin du 1er confinement national, à des soignants, comme à des patients ou à des proches, de revenir, s’ils le souhaitaient, sur les questionnements ou les difficultés éthiques rencontrées pendant cette période (ce qu’il a appelé des « relectures éthiques »). Entre mai et septembre 2020, 31 professionnels y ont participé, 1 seul patient (médecin à la retraite) a été rencontré et aucun proche. Cet article souhaite partager la façon dont ces professionnels sont revenus, dans l’après-coup, sur les premiers mois de la crise. Plus d’une année plus tard, à l’heure où ce qui était « inhabituel » commence par devenir « ordinaire », et le « retour à la vie normale » semble à l’horizon, il n’est pas inutile de rappeler leurs réactions, leurs interrogations et leurs malaises. Au croisement des entretiens, c’est un questionnement quant à ce que soigner veut dire aujourd’hui et au rôle de la médecine en contexte de crise que l’on voit émerger. From the beginning of the Covid-19 pandemic in France, many argued that now was the time for action, not ethics, while acknowledging the need for feedback once the crisis had passed. To this end, the Parisian clinical ethics’ center suggested that health professionals, patients, and families come back on difficulties or questions they might have had during the first national lockdown once it was over. We called it ethical debriefs. Between May and September 2021, 31 professionals agreed to participate, but only 1 patient (a retired physician) and no proxy was met. The aim of this article is to share how these health professionals revisited the first months of the crisis. Indeed today, more than one year since Covid started and as what was once unusual is becoming common practice, it is useful not to forget how they reacted, what their questions were and where did their ethical difficulties lie at that time. Now that coming back to normal might be conceivable, all these interviews highlight the importance of a questioning on what caring for patients means nowadays, as well as on the definition of role of medicine in a context of crisis.

Avec la crise du coronavirus, les destinations lointaines de nature comme la Patagonie chilienne sont inquiètes d’un effondrement du tourisme. Les communautés locales, apeurées par les risques liés à l’accueil de visiteurs, se replient et se protègent. Les entrepreneurs espèrent un rapide retour à la « normalité » d’une zone relativement épargnée par la COVID-19, mais craignent la fin du boom touristique, car prendre l’avion restera anxiogène dans un contexte de pandémie. Ces destinations devraient recentrer leur offre afin de capter une clientèle de proximité, mais cela semble un défi peu rentable pour les zones isolées. Alors que les entrepreneurs affinent leur plan marketing et les services d’État leurs protocoles d’accueil sécurisés, les animateurs de projets touristiques écologiques, axés sur la conservation, le tourisme rural et les migrations d’agrément, font valoir leurs atouts. L’actuelle crise pourrait mettre fin au tourisme de masse, à l’hypermobilité vers des hauts lieux et aux projets basés sur la rentabilité. La crise socioenvironnementale globale est l’occasion de repenser les rapports à la nature et de renforcer les systèmes touristiques locaux, pensés comme des lieux de vie, basés sur des économies rurales respectueuses de l’environnement, les échanges culturels, scientifiques et traditionnels, attirants autant pour les clientèles nationales qu’étrangères. With the coronavirus crisis, remote nature destinations like Chilean Patagonia are worried of a possible collapse of tourism. Local communities, frightened by the risks of welcoming visitors, are withdrawing and protecting themselves. Entrepreneurs hope for a rapid return to “normality” in an area relatively untouched by COVID-19 but they fear the end of the tourism boom, as flying will remain an anxiety-provoking issue in a post-pandemic situation. These destinations have to refocus their offer in order to capture a national clientele, but this seems an unprofitable challenge for isolated areas. While entrepreneurs are refining their marketing plans and government services are establishing their secure reception protocols, leaders of ecological and conservation tourism projects along with rural tourism and leisure migration stakeholders are highlighting their assets. The current crisis could put an end to mass tourism, hypermobilities, projects based on high profitability and overtourism in iconic places. In that sense, the present global socioenvironmental crisis is an opportunity to rethink our relationship with nature and seek ways to strengthen local tourism systems, conceived as places to live and based on environmentally friendly rural economies, cultural, scientific, and traditional exchanges, attractive both to national and foreign visitors.

Les zoonoses représentent 60% des maladies infectieuses émergentes, et 70% de ces zoonoses proviennent de la faune sauvage. Les chauves-souris sont les hôtes de nombreux agents infectieux, notamment de virus responsables de zoonoses chez l’Homme comme le virus Ebola, le virus Nipah ou le virus Hendra. Au cours des deux dernières décennies, de nouveaux virus issus des chauves-souris ont émergé dans les populations humaines et animales, avec des conséquences importantes pour la santé publique, vétérinaire, mais également pour l’économie. C’est notamment le cas des coronavirus (CoVs) tels que le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et le syndrome de diarrhée aiguë du porc (SADS), responsables de plusieurs milliers de décès humains ainsi que d’une mortalité élevée dans les élevages porcins. Bien que de nombreuses études aient identifié des CoVs de chauves-souris dans le monde, les connaissances actuelles sur la diversité et les risques associés à l'émergence de CoVs dans les écosystèmes insulaires tropicaux restent à évaluer avec précision. L’objectif de cette thèse était d’étudier l’écologie et l’évolution de coronavirus dans des populations de chauves-souris. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés au niveau d’exposition des hôtes aux CoVs, et à l’histoire évolutive de ces virus dans le contexte phylogéographique des îles de l’ouest de l’Océan Indien. Basée sur l’analyse de 1088 échantillons par biologie moléculaire, cette étude a mis en évidence, pour la première fois, la présence de CoV chez des chauves-souris insectivores à Mayotte, au Mozambique, à l’île de La Réunion, et à Madagascar. La prévalence globale de chauves-souris infectées par les CoVs était de 8,0% ± 1,2% avec une variation significative entre l’Afrique continentale et les îles, mais aussi entre familles de chauves-souris. Nous avons identifié une grande diversité génétique de α-CoVs et de β-CoVs, dont certains sont phylogénétiquement proches de CoVs humains (e.g. HCoV-NL63, HCoV-229E, MERS-CoV). Enfin, ces CoVs sont structurés phylogénétiquement par famille de chauves-souris, supportant une longue histoire de coévolution entre chauves-souris et leurs CoVs dans l’Océan Indien occidental. Nous avons dans un second temps réalisé une étude longitudinale sur la dynamique d’infection de CoV dans une colonie de maternité de Petit Molosse (Mormopterus francoismoutoui), espèce endémique de La Réunion. Basé sur la détection du génome viral dans des prélèvements environnementaux (fèces et guano), nous avons exploré l’effet de la structure de la population sur la dynamique d’infection pendant deux années consécutives. Les résultats montrent une variation très marquée des prévalences d’infection chez les chauves-souris au cours de la saison, avec la présence de deux pics d’infection : lors de la colonisation de la grotte de maternité (associé à une augmentation de la densité des hôtes), et environ un mois après le début de la parturition (associé à la perte d’immunité chez les nouveaux-nés). L’ensemble de ces travaux montre que l’évolution des CoVs des chauves-souris de l’ouest de l’Océan Indien est majoritairement due à de la coévolution entre les hôtes et leurs virus, bien que le contexte insulaire puisse également induire de la spéciation intra-île, au sein des familles de chauves-souris. La mise en évidence de facteurs écologiques et biologiques influant sur la dynamique d’infection à l’échelle d’une population souligne que les risques de transmission de CoVs à d’autres hôtes diffèrent en fonction des communautés de chauves-souris présentes sur chaque île, mais aussi de la structure des populations des hôtes et de sa variation temporelle. Zoonoses account for 60% of emerging infectious diseases, among which 70% originate from wildlife. Bats host many infectious agents, including viruses responsible for zoonoses in humans such as Ebola, Nipah or Hendraus. For the last two decades, new bat viruses have emerged in human and animal populations, causing major threats for public and animal health. Coronaviruses (CoV) such as Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS), Middle East Respiratory Syndrome (MERS) and Acute Acute Diarrhea Syndrome (SADS) are responsible for thousands of deaths in humans and pigs. Although many studies have described bat CoVs around the world, current knowledge about the diversity and risks associated with emerging CoVs in island ecosystems remain to be precisely assessed.In this work, we investigated the ecology and evolution of coronaviruses in bats by assessing the level of bat exposure to CoVs, and the evolutionary history in the phylogeographic context of the islands of the Western Indian Ocean. Based on the molecular screening of 1088 samples, we report, for the first time the presence of CoVs in insectivorous bats on Mayotte, on Madagascar, in Mozambique and on Reunion Island. The overall prevalence of bats positive for CoV was 8.0% ± 1.2%, with significant variation between continental Africa and islands, as well as between bat families. We found a large diversity of α-CoVs and β-CoVs, some being genetically related to those detected in human (e.g. HCoV-NL63, HCoV-229E, MERS-CoV). These CoVs were phylogenetically structured by bat family, supporting a long history of co-evolution between bats and their associated CoVs in the region. We then focused on the Reunion free tailed bat (Mormopterus francoismoutoui), an endemic species on this island, and investigated temporal infection dynamics in a maternal colony, during two consecutive years. Results highlighted a major variation in the prevalence of infected bats during the maternity season, with patterns similar for both years and the presence of two peaks of infection. Indeed, one pic occurs during the colonization of the maternity colony (associated to an increase in host density), and another about a month after the beginning of parturition (potentially associated to a loss of maternal antibodies in newborns). This work provides strong support for a long history of coevolution between bats and their CoVs in the Western Indian ocean, although within-island speciation for each bat families also occurs. Ecological and biological factors influencing the infection dynamics highlights a different level of CoV transmission risks to other hosts, including humans, associated to bat communities inhabiting each island, as well as to temporal variations in host population structure.

Daté 2020 mais paru en 2021; International audience; Cet article vise à revenir sur l'activité de Jean Rottner pendant la crise du coronavirus à partir d'une analyse détaillée de ses interventions durant cette période, qui font de lui un acteur bénéficiant d'une médiatisation importante sinon extraordinaire. Pour ce faire, l'article mobilise la notion de conjoncture critique. Il défend la thèse que c'est le gestionnaire hospitalier plus que le soignant qui agit de manière ajustée dans la crise, mais aussi l'élu local qui tente de consolider sa position. L'analyse se fonde sur un dépouillement de la presse nationale et régionale ainsi que sur d'autres sources complémentaires.

International audience; AVIS Haut Conseil de la santé publique 1/17 Cet avis doit être diffusé dans sa totalité, sans ajout ni modification relatif à l'actualisation des connaissances scientifiques sur la transmission du virus SARS-CoV-2 par aérosols et des recommandations sanitaires 23 juillet 2020 Le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) a été saisi le 7 juillet 2020 par la Direction générale de la santé (DGS) au sujet de l'actualisation scientifique des données/informations portant sur la part de la transmission du virus SARS-CoV-2 par aérosols et la mise à jour éventuelle des préconisations sanitaires (Annexe 1). À l'heure où la pandémie de Covid-19 continue de se propager à travers le monde, les connaissances sur ses modes de transmission sont fondamentales pour adapter les mesures de prévention et de protection sanitaires. La lettre ouverte adressée à l'Organisation mondiale de la santé (OMS), par 239 scientifiques issus de 32 pays le 4 juillet 2020 [1], confirme l'importance de prendre en considération la transmission de la Covid-19 par aérosols dans les lieux clos et mal ventilés, plusieurs cas groupés (clusters) ayant pu être le résultat d'une transmission par aérosols dans ces types de lieux. L'OMS a reconnu qu'un tel mode de transmission ne peut être exclu, notamment dans certains endroits fermés, comme les lieux très fréquentés et mal aérés, et lorsque les gens y sont présents pendant une durée de temps longue (chorales, restaurants, cours de sports, etc.). Le HCSP a publié un premier avis le 8 avril 2020 relatif au risque de transmission du virus SARS-CoV-2 dans des aérosols, en milieu de soin, dans les autres environnements intérieurs, ainsi que dans l'environnement extérieur [2]. Le HCSP n'excluait alors pas une transmission par aérosols du virus, mais les données scientifiques sur le sujet étaient encore limitées. Dans cet avis, le HCSP recommandait par précaution, le port du masque dans des espaces clos, notamment mal aérés et insuffisamment ventilés, et en milieu extérieur lorsque la distanciation physique ne pouvait pas être respectée. Dans un avis complémentaire du 24 avril 2020 concernant les mesures d'aération et les systèmes de ventilation/climatisation (chapitre 11) [3], le HCSP recommandait un renforcement de l'aération des locaux et de la maintenance des systèmes de ventilation/climatisation, en particulier de leurs filtres dans les établissements recevant du public (ERP), hôpitaux et établissements d'hébergement pour personnes âgées dépendantes (EHPAD). Les questions de la saisine portent sur d'éventuelles mesures supplémentaires aux mesures existantes à mettre en oeuvre en tenant compte des différents modes de transmission du virus. Afin de répondre à cette saisine en lien avec la pandémie de Covid-19 en cours et au mode de transmission du virus SARS-CoV-2, le HCSP a réactivé le groupe de travail « Grippe, coronavirus, infections respiratoires émergentes » composé d'experts membres ou non du HCSP. Un sous-groupe dédié à cette saisine a été constitué (Annexe 2). Le présent avis tient compte, notamment, des dernières données scientifiques publiées et de leurs évolutions depuis le début de la pandémie. Il porte sur la transmission du virus et sur les mesures de prévention en population générale dans les environnements intérieurs et extérieurs et en milieux professionnels intérieurs hors les lieux de soins. Ces derniers feront l'objet d'un avis spécifique qui inclura aussi la situation des personnes à risque présentes dans l'entourage d'une personne malade à domicile.

La recherche en sciences humaines et sociales (SHS), à qui l’on pose régulièrement la question de son « utilité », a été massivement mobilisée dans la première partie de l’année 2020, tant par les médias et les institutions. Elle s’est montrée d’une grande réactivité, en adaptant ses calendriers et ses objectifs, en modifiant ses formats d’interventions (wébinaires, cours en distanciel). Chercheuses et chercheurs, enseignant(e)s-chercheurs ont été présents, et ce malgré des inégalités générées par le confinement dans le travail de recherche, notamment en termes de genre. Le présent travail a pour ambition de proposer à son lecteur une analyse mobilisant les travaux des SHS dans leur ensemble. Sans prétendre à l’exhaustivité, il tisse les fils, à travers les questions qu’il aborde, d’une discipline à une autre, composant un ensemble dans lequel les SHS entrent en résonance les unes avec les autres, déploient leur complémentarité, et créent une analyse commune, qu’elles relèvent plutôt des sciences sociales ou des humanités. Il a pour objectif de rendre manifeste un capital scientifique des SHS en tant que telles, pour aborder les différents questionnements que suscite la pandémie de Covid-19. La recherche actuelle en SHS sur la pandémie, sa gestion politique, et ses enjeux, ne s’élabore pas ex nihilo. Tout en prenant la mesure de la spécificité des temps présents, elle s’appuie sur un ensemble de cadres théoriques, de méthodes, d’analyses élaborés dans d’autres contextes, remobilisés, réactualisés, enrichis à la lumière des problématiques associées à la pandémie de Covid 19. Par ailleurs, le parti-pris de ce travail a été de tenir compte d’emblée de la dimension mondiale de la pandémie, et de ne pas s’en tenir à la situation française. Ainsi, plusieurs contextes nationaux, voire continentaux sont explorés sur tel ou tel point et la dimension mondiale de la pandémie y est prise en compte en tant que telle. Enfin, ce document s’intéresse aussi à la manière même dont les sciences humaines et sociales se sont mobilisées, en France, dans le contexte de la pandémie de Covid 19, aux formes collaboratives, aux pratiques pluridisciplinaires particulièrement adoptées face à cette pandémie. Il se structure en cinq parties : la première porte sur la manière dont les SHS font de la crise une question et un objet de connaissance (A – Du cadrage de la crise dans l’espace public à la crise comme objet de connaissance - l’exemple de la France). La seconde aborde un point saillant des analyses élaborées au cours des derniers mois, qui envisagent la pandémie comme un révélateur, voire un amplificateur d’enjeux pré-existants (B). Puis, la troisième partie s’intéresse aux sociétés et aux gouvernements confrontés à la pandémie (C), autrement dit aux formes de la gestion de la crise par le pouvoir politique, à la mobilisation des sciences et à l’exercice du pouvoir, ainsi qu’aux mesures prises et aux attitudes des populations au regard de ces mesures. La quatrième partie présente la façon dont le temps de la pandémie a été traversé de questionnements pour le futur, questionnements qui à leur tour impriment des orientations pour la recherche en SHS (D. Se réinventer en temps de pandémie). Enfin, la cinquième et dernière partie invite le lecteur à découvrir comment les SHS se sont mobilisées en temps de pandémie, comment elles ont collaboré et entrepris de documenter à chaud la crise sanitaire tout en acceptant de voir se renouveler questions, objets, méthodes sous l’effet de cette crise (E. Quand la crise invite aux collaborations et à une réflexion sur le « transfert » des connaissances). Research in the humanities and social sciences (HSS), which is regularly asked the question of its "usefulness", has been massively mobilized in the first part of the year 2020, both by the media and institutions. It has shown itself to be highly responsive, adapting its schedules and objectives, and modifying its intervention formats (webinars, distance learning courses). It was much present, despite the inequalities generated by the lockdown, particularly in terms of gender. The aim of this work is to offer the reader an analysis mobilizing the work of the SHS as a whole. Without claiming to be exhaustive, it weaves the threads, through the questions it addresses, from one discipline to another, composing a whole in which the social sciences and humanities resonate with one another, deploy their complementarity, and create a common analysis. Its objective is to emphasize the existence of a scientific capital of the HSS as such, to address the various questions raised by the Covid-19 pandemic. Current HSS research on the pandemic, its political management, and its stakes, is not developed ex nihilo. While taking the measure of the specificity of the present times, it is based on a set of theoretical frameworks, methods and analyses elaborated in other contexts, remobilized, updated and enriched in the light of the issues associated with the Covid 19 pandemic. Moreover, this work aims at taking into account from the outset the global dimension of the pandemic, and not just the French situation. Thus, several national and even continental contexts are explored on one point or another and the global dimension of the pandemic is taken into account as such. Finally, this document also looks at the very way in which the humanities and social sciences were mobilized in France in the context of the Covid 19 pandemic, at the collaborative forms and multidisciplinary practices particularly adopted in the face of this pandemic. It is structured in five parts: the first deals with the way in which the HSS make the crisis a question and an object of knowledge (A - From the framing of the crisis in the public space to the crisis as an object of knowledge - the example of France). The second addresses a salient point of the analyses developed over the last few months, which consider the pandemic as a revealer, or even an amplifier of pre-existing issues (B). Then, the third part looks at the societies and governments confronted with the pandemic (C), in other words, the forms of crisis management by the political power, the mobilization of science and the exercise of power, as well as the measures taken and the attitudes of the populations with regard to these measures. The fourth part presents the way in which the time of the pandemic has been characterized by questions about the future, questions which in turn give rise to orientations for HSS research (D. Reinventing ourselves in times of pandemic). Finally, the fifth and last part invites the reader to discover how the HHS involved itself in times of pandemic, how they collaborated together and undertook to document the health crisis in the heat of the moment, while accepting to consider new questions, and adopt new methods under the effect of this crisis (E. When the crisis invites collaboration and reflection on the "transfer" of knowledge).

National audience